1328 –31 yılları arasında vakfın mütevellilik vazifesini îfa eden Salimefendi ailesinden aynı isimli hanımın yaptığı hizmetlere binaen medrese Münîre Hanım Medresesi olarak da anılır.

                1340 – 1924 yılına ait şehir haritasında görüldüğü üzere medrese, caminin güney- doğu köşesi doğusuna kadar uzanan L tipinde bir binadır. Doğu köşesindeki Numaniye Medresesi ile bitişerek U biçiminde bir görüntüye sahip olmuştur.

                Bina, moloz ve kesme taşı karışık olarak aralara tuğla kuşaklar konulmak suretiyle yapılmıştır. İçinde her biri 10 – 12 kişiyi barındırabilecek kapasitede 15 kadar oda ve her türlü beşerî ihtiyaca cevap verebilecek diğer bölümler bulunmaktadır. Tamirler sırasında değişikliklere uğramış olsalar da ilk yapılışındaki intizam göze çarpmaktadır. Odaların hepsinde birer ocak ve baca bulunan yapıtın üzeri tuğladan yapılmış tonozlarla örtülüdür.

                Sıra ile bütün odaların önünü boydan boya kat eden 2 metre genişliğinde revaklı bir koridor, üzeri ön taraftan yuvarlak taş sütunlara bindirilmiş, sivri kemerlerin desteğindeki tonozlarla örtülü olan koridor’un sadece doğu köşesindeki odanın önünde kubbe bulunur.

                Medresenin üzerinde önceden var olduğu bilinen kurşunlar sökülerek yerli ( Marsilya ) kiremit döşenmiştir. Çatının eteklerinde testere dişli kirpikler mevcuttur.Caminin kıble boyunca uzanarak doğu ve batı istikametinde kollarını açmış haliyle dikkat çeken medrese sanki Nasrullah Kadı Camii’ni ilim – irfan malzemesiyle yoğrulmuş bir sur ile muhafazaaltına almış gibi durmaktadır.

                Yapı ; 1224, 1230, 1259 ve 1279 hicri yıllarında tamir görmüştür. Son yıllarda Vakıflar tarafından esaslı suretterestore edilip kalorifer sistemi kurulan ve bir süre öğrenci yurdu olarak hizmet veren bina 2002 yılında el sanatları çarşısı olarak hizmete açılmıştır.

                Caminin güney doğu köşesinde ve medresenin karşısında bulunan ve aynı tarihte Reisü’lküttab Hacı Mustafa Efendi tarafından yaptırılmış olan altı köşeli ve kubbeli kütüphane de sağlam olup günümüze ulaşan birkaç kütüphaneden birisidir. Buradabulunan 660 adet kitap İl Halk Kütüphanesine devredilmiştir.
Kapısı Nasrullah Camii’nin güney batı köşesinden açılan, buradan başlayıp caminin kıble tarafı boyunca uzanarak güneydoğu köşesine kadar ulaşan bina Bayraklı Medresesi adıyla bilinmektedir. 1159 Hicri yılında cami ile beraber Reisü’lküttab Hacı Mustafa Efendi tarafından yapılmıştır.